Con la fundación de la población de Santa María de La Antigua del Darién, BALBOA inició en Panamá el sistema de encomiendas.    Posteriormente, con la fundación de la Ciudad de Panamá, el Gobernador PEDRARIAS DAVILA repartió unos 27 cacicazgos entre sus allegados.  Ante tal situación, y mientras el Gobernador era sometido a juicio de residencia, este distribuyó 9,964 indígenas en 83 encomiendas.

        El sistema motivó controversias en la Corte,  en especial, debido a las voces de denuncia de personas como Fray BARTOLOME DE LAS CASAS.  El Consejo de Indias en 1529, analizó el punto, exteriorizando un criterio en contra del mismo debido al abuso y malos tratos a que eran sometidos los indígenas por parte de los encomenderos.  De igual forma concluyó que el indio era un ser libre, por lo que su libertad debía ser respetada.

        A pesar de lo anterior, el Consejo consideró que de suprimirse la encomienda, podían surgir numerosos conflictos entre los españoles que consideraban la institución como una legítima recompensa.   Por ello, se propuso el establecimiento de un tributo a los indígenas, de acuerdo con sus posibilidades, a efectos de que la mitad de lo recaudado en el primer año, se le otorgase a los encomenderos como indemnización, además de hacerles entrega de tierras para la labranza y la construcción de viviendas.

        Finalmente, el Emperador CARLOS V ordenó abolir el sistema de encomiendas debido a los abusos originados  y a las penalidades que sufrían los indígenas.  En Panamá, el Gobernador SANCHO DE CLAVIJO expidió una provisión en la cual reiteraba las disposiciones tomadas en una Real Cédula de 1549, donde se ordenaba poner en práctica las Leyes Nuevas, suprimiendo de esta forma el sistema de encomiendas en Panamá.

        La abolición de las encomiendas suscitó grandes problemas en las colonias, en especial, en Perú, donde los colonos se consideraron despojados de lo que ellos calificaban derechos legítimos.   

        Con la llegada al Perú en 1544 del Virrey BLASCO NUÑEZ VELA, quien debía fundar la Audiencia de Lima y dar cumplimiento a la Real Cédula de abolición de la institución, los encomenderos, encabezados por GONZALO PIZARRO, hermano de FRANCISCO, se alzaron contra la Corona, con la intención de sustraer al territorio del Perú de la autoridad real.   Apresado el Virrey por las fuerzas rebeldes, logra escapar dirigiéndose al norte para organizar un ejército para combatir a los encomenderos.